Veranstaltung

Titel

Analysen bioinformatischer OMICs-Daten - Systemneurobiologie psychischer Erkrankungen

Title Analyses of bioinformatic OMICs data - systems neurobiology of mental illness
Schwerpunkt/Focus
Sprache/Language deutsch
VV-Nr./Course No. 138002
Modulverantwortlich/Responsible Prof. Dr. Bernhard T. Baune
Vertreter/Co-responsible Dr. Christa Hohoff
Anbieter/Teachers Prof. Dr. Bernhard T. Baune; Dr. Christa Hohoff; Dr. Evelien van Assche, M.Sc. Sophia Wissing
Typ/Type Praktikum
SWS/Semerster periods per week
Arbeitslast(h)/Work load 300 h
KP/Credit points 10
Zuordnung/Classification Forschungs-Modul
Semester/Semester SoSe
WiSe
Studierende/Students MSc Biowissenschaften
MSc Biotechnologie
MSc Molekulare Biomedizin
Corona-Informationen/Corona-Information
Zeit/Date nach Vereinbarung
Ort/Location Klinik für Psychische Gesundheit, Labor für Systemneurobiologie, Albert-Schweitzer-Campus 1, Gebäude A9, 48149 Münster
Beginn/Start nach Vereinbarung
Vorbesprechung/Obligatory pre-meeting nach Vereinbarung, im Labor für Systemneurobiologie, Albert-Schweitzer-Campus 1, A9, 48149 Münster
Voraussetzung/Prerequisite keine
Anmeldung/Registration über hohoffch@uni-muenster.de oder bernhard.baune@uni-muenster.de
Leistungskontrollen/Performance assessments nach Vereinbarung (Mitarbeit/Präsentation/Protokoll)
Termine f. Leistungskontrollen/Date for performance assessments nach Vereinbarung
max. NP/Max. grade points 200
Ziele/Aims Umgang mit großen biologischen Datensätzen (OMICs und multi-OMICs Daten) und Anwendung bioinformatischer Tools im Rahmen eines aktuellen Forschungsprojektes. Erlernen der Darstellung und Diskussion wissenschaftlicher Ergebnisse (mündlich, schriftlich).
Inhalte/Content Aktuelle Fragestellungen in der Systemneurobiologie zur komplexen und multimodalen Entstehung und individualisierten Therapie-Verbesserung psychischer Erkrankungen
Methoden/Methods Durchführung grundlegender bioinformatischer Analysen von OMICs-Daten (z.B. genomics, transcriptomics, epigenomics, proteomics, metabolomics, lipidomics) und phänotypischen/klinischen Daten (z.B. Depressionsschwere, Kognition, Therapieresponse) aus verschiedenen klinischen Humanstudien:
• Datenexploration und Visualisierung (z.B. Histogramme, Boxplots, Heatmaps)
• Daten-Aufbereitung, evtl. -Imputationen und -Transformation
• Anwendung geeigneter Tools z.B. R/R-Studio, Genomestudio, PLINK, Perseus etc.
• Durchführung von statistischen Analysen (T-/U-Test, Regression, Faktoranalysen, PCA)
• Möglichkeit der Einführung in die Basics einer Programmiersprache wie R, Python etc.

• weiterführende Analysen, z.B. differentielle Genexpressions-, Methylierungs-, Proteom- und Metabolom-Analysen (mittels DESeq2, Limma, Perseus, o.ä.) oder Genom-Analysen (mittels UCSC-Gensequenzen- und strukturen, HaploView, PHASE o.ä.)
• vertiefende Literaturrecherche zu Ergebnissen und Hintergrund
Evtl. Prozessoptimierungen bzw. Teilautomatisierungen mittels Excel-VBA, Hyperlink-basierten Dokumentstrukturen im Bereich:
• Schnittstelle zwischen Laborproben und Dokumentation
• Rohdatenmanagement und Datenanalyse-Tools
• Verwaltung prozessierter Daten
Je nach Projektstand evtl. Einblick und praktische Unterstützung in Laboranalysen möglich
Berufsrelevante und interdisziplinäre Komponenten/Occupational and interdisciplinary skills
Voraussetzung für/Prerequisite for
Präsenzpflicht/Compulsory presence ja
Plätze/Number of participants 2
Gruppengröße/Group size
Materialien/Materials
Literatur/Literature für aktuelle Fragestellung relevante Literatur wird zu Veranstaltungsbeginn ausgehändigt
Links https://web.ukm.de/psychiatrie-uebersicht
Sonstiges/Further information

Modulelemente:

Elemente of the module:
Titel/Title Zeit (von...bis)/Time (from...to) Ort(Raum)/Location
Übungen/Practical exercises
Vorlesung/Lecture
Seminare/Semeinars
Exkursionen/Excursions
Legende: / Legend:

= Modul gehört zum SPP Imoplant / Module is part of the SSP Imoplant
= Modul gehört zum SPP Evolution /Module is part of the SSP Evolution
= Modul gehört zum SPP Bioanalytics and Biochemistry /Module is part of the SSP Bioanalytics and Biochemistry
= Modul gehört zum SPP Neuroscience and Behaviour /Module is part of the SSP Neuroscience and Behaviour
= Modul gehört zum SPP Quantitative Cell Biology /Module is part of the SSP Quantitative Cell Biology